Enligt arkeologiska fynd har Amorgos varit bebodd sedan förhistorisk tid. Det fanns då 3 viktiga städer på ön: Minoa, Aegiali och Arkessini. Under de romerska eran var det en plats att gå i exil. På den bysantinska tiden ingick den i provinsen av öar. Därefter övergick ön till frankerna och slutligen var Amorgos under dominans av Venedig. Under åren som följde var ön utsatt för piraternas härjningar såväl turkiska suveränitet. Amorgos deltog i den grekiska revolutionen 1821 och blev en del av Grekland 1832.
Fortfarande idag kan du se resterna från antiken runt om på ön. Du kan också besöka det arkeologiska museet i Chora, som tex har fynd från den minoiska civilisationen som existerade här för mer än 4000 år sedan.
Uppkomsten av den minoiska civilisationen under den mellersta kykladiska perioden (2000-1600 f.Kr.) gjorde Amorgos till en handelsstation inom ramen för den minoiska flottans överhöghet (1600-1450 f.Kr.). Minoa grundades förmodligen under denna tiden, myten säger att det var King Minos sommarboende. När den mykenska civilisationen blomstrade (1400-1200 f.Kr.) infiltrerades Amorgos från grekiska fastlandet som spred sin mykenska koine (språk) på ön.
Den geometriska perioden (10-åttonde århundradet f.Kr.) präglades av joniska kolonister från Naxos, de grundade Arkesini i den sydöstra delen av Amorgos. Under 700-talet f.Kr. grundade joniska kolonister från Miletus Aigiali som ligger på nordvästra delen av ön. Dessa två städer, tillsammans med Minoa, var centra för den kulturell utvecklingen. De bildade ett blomstrande samvälde tack vare sitt läge mellan det grekiska fastlandet och mindre Asiens kust och bidrog till den historiska och kulturella utvecklingen i området. De kämpade tillsammans med den sk atenska ligan under det persiska krig. I 337 f.Kr. tog makedonerna över och van slaget 322 över Aten. Under romartiden minskade Amorgos ställning och användes för personer i exil. Under antiken var ön ett centrum för produktion av röda tunikor som gjordes av en växt som kallades amorgos och gav tunikan dess röda färg.
Den efterföljande perioden utmärks av ständiga pirat attacker som medförde att bosättningarna flyttades till inlandet och upp i bergen. I 1309 anslöt sig Amorgos till hertigdömet i Egeiska havet, sedan följde en tid då Venitianer, Katalner och till sist Ottomanska riket härksade över ön fram till år 1537 då Hayreddin Barbarossa tog över ön. De politiska och ekonomiska privilegier som Amorgos fick av den ottomanska sultanen gjorde att ön utvecklades till en stabil hamn i det Egeiska havet.
Amorgos spelade en aktiv roll i det grekiska självständighetskriget 1821 pga av sin starka flotta. Efter att Kapodistrias tog över den grekiska regeringen grundades på ön en skola som arbetade enligt det monitorial systemet. På 1800-talet migrerades många av Amorgos invånare till Aten, Greklands då nya huvudstad, för att kunna arbeta som byggare och stenhuggare. Migrering resulterade i den demografiska nedgången på ön. På grund av detta blev ön under under Ioannis Metaxas diktatur (1930-talet) en perfekt tillflyktsplats. År 1941 kom Amorgos under italiensk regering, eftersom Axis Powers tog över Grekland, men efter dem italienska kapitulationen 1943 kom ön under tysk regim för att slutligen befrias 1944.
